一、疫病
如果感染疫病以后，主要出深綠色病斑，病斑邊緣不明顯，擴展速度很快。病斑會逐漸腐爛。最后表面生白色霉狀物，還會有爛心的現象。
防治措施：濕度大是疫病發病的誘因，種植戶們預防時，要選擇高燥的種植地，適當稀植。可以采用噴灑75%百菌清可濕性粉劑600倍溶液，或者是80%噴克可濕性粉劑600倍溶液噴霧來進行治療。
二、果實蠅
果實蠅在苦瓜內產卵，孵化后在里面啃食危害，危害部位會變黃，流膠，容易掉落，最后出現爛瓜爛心的現象。
防治措施：果實蠅造成的爛心現象，可以在穩果后套透明塑料袋進行保護。使用一些引誘劑誘殺成蟲，使用90%晶體敵百蟲800倍溶液噴灑消滅成蟲，對爛瓜內的幼蟲直接用開水燙死。
三、化瓜
有些苦瓜還沒長大，就爛掉了，好像也沒有感染病害，那有可能是化瓜現象。
防治措施：化瓜造成的爛心是因為苦瓜的生長空間郁閉，光合作用不良，營養物質不足，或者是植株營養分配不均，得不到營養爛掉的。也有可能是缺乏元素，磷、鉀、鈣。可以在開花時使用鈣肥、苗期也要持續補充鈣肥來進行預防。種植時最好是不要過于密集。
四、炭疽病
病狀是從苦瓜中間部位開始爛掉，病斑中間是暗黃色，外圍是金黃色，最后會逐漸擴展，可能會從病部爛掉。
防治措施：種植戶在種植苦瓜前要先對種子消毒，使用50%的雙氧水浸泡幾個小時，或者在熱水中浸泡。低溫發病嚴重的時候，可以延遲播種的時間，使用75%的百菌清可濕性粉劑700倍溶液噴灑，或者是50%的苯菌靈可濕性粉劑1500倍溶液噴霧。一般一周一次，連續兩次即可。